Ce plan fut modifié, car le grand Amiral Thrawn, qui avait rejoint le système de Lothal, convoqua l’agent Kallus, et son lieutenant, Yogar Lyste.  Ce dernier, s’attribuant tout le mérite de la capture d’Ezra (qui était pourtant volontaire), demanda à ses hommes d’emmener le Jedi sur le vaisseau de l’Amiral Thrawn. Pour les Rebelles, c’était une victoire de plus….

Enthousiaste et aveuglé, le jeune Jedi parvint à convaincre ses deux compagnons de le suivre dans cette quête, et se laissa guider par Maul, qui commença à les mener vers le sommet du Temple. Le commandant Aresko est un instructeur à l'Académie Impériale de Lothal, parfois aussi chargé de capturer les rebelles. Le jeune Jedi décida de l'accompagner jusqu'au Temple pour découvrir les secrets des Sith, comprenant qu'il pouvait avoir besoin de son aide.

Elle lui répondit "une famille", cela toucha le jeune orphelin n'ayant pas eu de famille depuis longtemps. Ezra fut envoyé par Hera prévenir les trois autres qu'il s'agissait d'un piège, malgré les réticences premières du jeune homme, car ses expériences passées l'avaient conduit à ne faire confiance à personne, ni à aider personne. Ceci interpella les pilotes et Yogar envoya plusieurs Stormtroopers voir ce qu'il se passait, ils tirèrent sur Ezra qui se cacha derrière la caisse de meiloorun, Ezra bloqua un canon du transport avec un de ses outils, le canon explosa le débarrassant d'un soldat et Zeb lui fournit un appui aérien avant de le récupérer. Là, Ezra avoua enfin la vérité : il avait été envoyé par Fenn Rau. En dépit de cet éclat, il prit en charge son équipe et embarqua à bord du Phantom pour effectuer sa reconnaissance. Ils ne purent qu'arriver à une impasse, car leurs points de vues étaient drastiquement opposés. Cet Holocron afficha un message holographique d'Obi-Wan Kenobi, lequel affirmait que la République Galactique et l'Ordre Jedi étaient déchus, alors que l'Empire Galactique montait en puissance. Seul Zeb parvint à s'échapper. Il aida également à récupérer AP-5, qui flottait toujours dans le vide spatial. Il admit simplement qu'il n'aimait pas le Jour de l'Empire, qui symbolisait la date de la création de l'Empire Galactique. Ils aperçurent alors un mystérieux non-humain qui fonçait dans leur direction. Il se rendit alors en ville, où il retrouva son ancien camarade Zare Leonis, qui lui donna de précieuses informations sur les projets de l'Empire, et notamment une opération d'envergure sur l'ancien Sénat où les Rebelles pensaient trouver Gall Trayvis. Ils explorèrent les effrayantes profondeurs d'Atollon pendant un bon moment, et Ezra demeura avec Kanan lorsque le groupe se sépara pour couvrir plus de terrain. Ezra et Kanan discutèrent de ce qu'il s'était passé dans le fort, Ezra s'était approché du côté obscur en voulant protéger Kanan. De là, la sénatrice Mon Mothma put émettre un message à toutes les cellules rebelles, demandant qu’elles n’en forment plus qu’une. Lorsque des stormtroopers firent irruption, Ezra aida les guerrières à combattre les soldats, puis détourna la navette de transport avec l'aide de Chopper, sauvant ainsi Sabine et les droïdes. Thème Mais Gar Saxon n'en crut pas un mot et, après avoir menacé Chopper, Ezra tenta un deuxième mensonge en se faisant passer pour un contrebandier nommé Lando Calrissian. Kanan avait pour but de mettre Sabine en colère, pour qu’elle fasse la paix avec elle-même. C'est alors qu'Ahsoka Tano arriva pour s'occuper d'eux et ordonna à Ezra de mettre le bébé en sécurité dans le Phantom. La mission fut finalement un grand succès, et la Rébellion gagna l'adhésion de nouveaux alliés très déterminés. Il embarqua ainsi à bord du Phantom avec Chopper, et malgré quelques difficultés pour le faire décoller, parvint à quitter la planète pour rallier le Broken Horn. En effet, le bébé était recherché par l'Empire, et plus précisèment par le Cinquième Frère et la Septième Sœur. Ezra révéla au tireur embusqué son identité ; il s’agissait en fait de Ryder Azadi, l'ancien gouverneur de Lothal et partisan de la cause rebelle. Une fois la surprise passée, maître et apprenti œuvrèrent ensemble et, unis dans la Force, furent capables d’ouvrir le temple. Ezra et les autres prirent alors la fuite en faisant de lourds dégâts dans les rangs impériaux, mais ils furent contraints de laisser Zeb derrière eux, coincé derrière les lignes ennemies, en espérant le retrouver peu après dans une capsule de sauvetage.

Une fois à bord du vaisseau de l’Amiral, Ezra fut emmené au bloc de détention B-7.
Alors que tout espoir semblait perdu, le jeune homme commença à saisir la portée de ses actes et de son excès de confiance, et se mit à désirer l'aide de son maître. Après avoir échappé à leurs poursuivants, les rebelles atterrirent de nouveau sur Lothal en prenant soin de brouiller leur signature thermique.